R語(yǔ)言ggtree如何將進(jìn)化樹中的序列id改成物種名稱，很多新手對(duì)此不是很清楚，為了幫助大家解決這個(gè)難題，下面小編將為大家詳細(xì)講解，有這方面需求的人可以來(lái)學(xué)習(xí)下，希望你能有所收獲。
十余年的耒陽(yáng)網(wǎng)站建設(shè)經(jīng)驗(yàn)，針對(duì)設(shè)計(jì)、前端、開發(fā)、售后、文案、推廣等六對(duì)一服務(wù)，響應(yīng)快，48小時(shí)及時(shí)工作處理。營(yíng)銷型網(wǎng)站的優(yōu)勢(shì)是能夠根據(jù)用戶設(shè)備顯示端的尺寸不同，自動(dòng)調(diào)整耒陽(yáng)建站的顯示方式，使網(wǎng)站能夠適用不同顯示終端，在瀏覽器中調(diào)整網(wǎng)站的寬度，無(wú)論在任何一種瀏覽器上瀏覽網(wǎng)站，都能展現(xiàn)優(yōu)雅布局與設(shè)計(jì)，從而大程度地提升瀏覽體驗(yàn)。成都創(chuàng)新互聯(lián)公司從事“耒陽(yáng)網(wǎng)站設(shè)計(jì)”,“耒陽(yáng)網(wǎng)站推廣”以來(lái)，每個(gè)客戶項(xiàng)目都認(rèn)真落實(shí)執(zhí)行。
通常我們會(huì)使用比對(duì)好的fasta文件構(gòu)建進(jìn)化樹，fasta文件中大于號(hào)后的內(nèi)容就是最終進(jìn)化樹上的文字標(biāo)簽。如果拿到進(jìn)化樹文件后你想替換掉其中的一些內(nèi)容，那該怎么辦呢？本篇推文介紹一下使用R語(yǔ)言的ggtree包實(shí)現(xiàn)這個(gè)目的
這個(gè)問(wèn)題是來(lái)源于公眾號(hào)的一位讀者的提問(wèn)
大家可以關(guān)注我的公眾號(hào) 小明的數(shù)據(jù)分析筆記本留言相關(guān)問(wèn)題，如果我恰巧會(huì)的話，我會(huì)抽出時(shí)間介紹對(duì)應(yīng)的解決辦法
重慶分公司
重慶分公司
(Synergus:0.1976902387,(((((Periclistus:0.1403183720,Synophromorpha:0.0325185390)93:0.0313182375,(Xestophanes:0.0275715134,(Diastrophus:0.0456139475,Gonaspis:0.1146402107)97:0.0603746476)86:0.0275523221)91:0.0396704245,Ibalia:0.1295291852)93:0.0678466304,(((Liposthenes_ker:0.0568838340,Rhodus:0.4243267334)73:0.0825510697,Plagiotrochus:0.0778290252)71:0.0457931797,Phanacis_2:0.1416544135)42:0.0142517743)48:0.0209026386,(((Liposthenes_gle:0.1641119081,((((Antistrophus:0.1098867540,Hedickiana:0.2313789580)73:0.0566918206,Neaylax:0.1747090949)53:0.0027850349,(Isocolus:0.0980216531,Aulacidea:0.1315344980)40:0.0147148853)54:0.0123010924,((Andricus:0.0479556214,Neuroterus:0.0392025403)95:0.0395094917,Biorhiza:0.0640188941)87:0.0159496082)20:0.0000025961)50:0.0194234721,((((Panteliella:0.0792235900,Diplolepis:0.3184402599)84:0.0461941800,Phanacis_1:0.1153410113)66:0.0099961323,(Eschatocerus:0.2548694740,Parnips:0.0000022831)64:0.0802390069)34:0.0241704495,((Barbotinia:0.0731026287,Aylax:0.0957869567)87:0.0269932737,Iraella:0.0390833327)95:0.0797807340)18:0.0000021284)23:0.0095262346,Timaspis:0.0585073936)19:0.0170106400)57:0.0526944283,(Ceroptres:0.1057541047,(Pediaspis:0.1932340906,Paramblynotus:0.1711455809)28:0.0000021043)48:0.0416999011);
library(treeio)
tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile",
node.label = "support")
ggtree(tree)+
geom_tiplab()+
xlim(NA,0.8)
df<-read.csv("pra.csv",header=T)
df<-read.csv("pra.csv",header=T)
tree1<-tree
tree1@phylo$tip.label<-
df[match(tree1@phylo$tip.label,df$x),]$y
這樣就替換過(guò)來(lái)了
ggtree(tree1)+
geom_tiplab()
write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk")
這樣就達(dá)成目的了
這里導(dǎo)出的進(jìn)化樹文件沒(méi)有了最初的支持率的信息，我們?cè)偻ㄟ^(guò)一行代碼給他加上就好了
tree1@phylo$node.label<-tree1@data$support
write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk")
這樣就沒(méi)有問(wèn)題了。
看完上述內(nèi)容是否對(duì)您有幫助呢？如果還想對(duì)相關(guān)知識(shí)有進(jìn)一步的了解或閱讀更多相關(guān)文章，請(qǐng)關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝您對(duì)創(chuàng)新互聯(lián)的支持。
